2008-01-01から1年間の記事一覧

[R}

ついにStatistics: An Introduction Using Rが翻訳されます。これで生態学分野にも(今まで以上に)Rと一般化線形モデルが浸透するでしょう。 それまでにレジュメ作らなきゃ。

勘違い1

Rのglm関数などによってデータにモデルを当てはめた際、よく行う(?)summary関数による回帰係数の検定表。 実は今までsummary()で出力されるp値は検定の多重性を考慮していないと思っていた。しかし、summary()で出力される推定値のwald検定のp値は、その…

乱数と計算統計学(その1)

ネット等で調べてみた。あくまでメモ用。 モンテカルロ法(特定の分布や標本から観測値を生成する方法) モンテカルロ法は、複雑な過程をシミュレーションして統計手法が持つ標本特性を調べるもので、古くから概念的にはあった。 しかし、近年の計算機の発展…

最近

全然本業に身が入らない。統計関係の勉強ばかりしている気がする。

論文をwebに載せるのは著作権違反になる可能性がある!と言われ、ドキっとしたが、ココにあるように、引用する際は適切に掲載すれば大丈夫であると思う。 重要なのは、引用元の表示とあくまでも自分自身の考えの補助的なものとして扱うことだろう。 自分の意…

花見をした。

モデル選択基準(Wikipedia(English版)より)

AIC(赤池情報量基準) BIC(ベイズ情報量基準) MallowのCp DIC MDL MML ステップワイズ回帰 いずれもモデルの当てはまりのよさ(Devianceとか)とモデルの自由度(用いたデータ数)のバランスをとって、最適なモデルを選ぶ。

JEBより

Bayesian approaches in evolutionary quantitative genetics. R. B. O’HARA, J. M. CANO, O. OVASKAINEN, C. TEPLITSKY,& J. S. ALH (2008) 進化量的遺伝学分野でのベイジアンなアプローチのレビュー。 確かに、量的遺伝学は伝統的な頻度論的アプローチでな…

しまりまくり。

これはどーゆーことでしょうか。。。 もはやわかりません。

まぁ、10匹くらいなら。がんばるか!

サッカーを久々にした。

quantile regression

先日のNowakさんの論文の解析で、用いていたquantile regressionとは何ぞや?と思いググってみた。多分和訳は「分位点回帰」で、ノンパラメトリック回帰の一部と思われる。 普段よく使う回帰は最小2乗法により、パラメータを推定するが、生態学のような説明…

モデル選択

モデル選択が最近流行り、さまざまな場面で聞くけど、実際に使っている論文に未だ出会ったことはない。って、大して論文読んでないからだろうな。

Nature 452,348-351 Winners don't punish Anna Dreber, David G. Rand, Drew Fudenberg & Martin A. Nowak Nowakさんの論文がまたまた出ました。何本Natureやscienceに載せれば気がすむのだろう。まぁ、共著だけど今回は。 今回の話は実験経済学的な話。学…

ロマーリオが引退したらしい。94年の時から非常に頑張っていたけど、やはりヤツの瞬発力というかゴールへの嗅覚は見習いたいものです。

本日付けで、4年間通ったTUATともおさらば。 また2年間よろしくお願いします。

相関と回帰

回帰係数(b)と相関係数(r)の関係b=SSXY/SSX(共分散をxの分散(平均平方)で割ったもの) b=r*sy/sx(相関係数にyとxの標準偏差の比をかける)r=SSXY/sqrt(SX*SY)(積和をそれぞれの平方和で割る。もしくは共分散を平均平方で割る)ちなみに、分散分析で…

する予定

相関と回帰の復習

改めて、相関と回帰の復習をした。

順序変換

R

ordered()

今週は

ヒトでもって、協力行動の進化を研究した論文が2大ジャーナルに掲載されていた。読んだら、まとめよう。

セロトニンと行動連鎖

非常に難しい。どのように解析するかが非常に重要。 例えば、3群以上の場合はやはり多重比較するべきなのだろうか。推定することに意味があるのか。目的変数が順序尺度の場合は?(カテゴリカルデータ解析入門で復習せねば)

いつもの

無題

自分の本筋とかけ離れていっているような気がする。だいじょうぶかなぁ。

ちなみに

χ2検定に用いる、χ2統計量は、z^2の値を足し合わせたものである。 つまり、RのGLMで表示されるzという値の2乗がχ2統計量から有意に離れているか を仮説検定しているのが、ワルド検定ということになる。

モデルを比較する3つの方法

尤度比検定 尤度関数における、推定値(ある値と0)を代入した際の尤度の比較 ワルド検定 尤度関数における、漸近標準誤差による推定値と0の検定 χ2検定に近似可能 Fisherのスコア法 尤度関数における、推定値0の時の傾きによる検定 χ2検定に近似可能

科学に必要な3つのポイント

経験的知識 客観的知識 実験データ うーむ、なるほど。

山形遠征が終わった。

いろいろな勉強・経験をさせてもらった。楽しかった。お世話になったかた皆様に感謝したいです。

さて

やっと片付けが終わった。後は引越しを待つのみ。

PCR

ポリメラーゼ連鎖反応. PCRを利用して多くの遺伝解析がなされている. 特に最近はリアルタイムPCRがよく解析に使われている. 簡単に勉強した限りでは,蛍光標識した目的の遺伝子を経時的に測定し,その蛍光量とサイクル数から逆算し,目的の遺伝子量を探る…